Die Bayerische Wissenschaftsallianz für Friedens-, Konflikt- und Sicherheitsforschung wird finanziell unterstützt durch das Bayerische Staatsministerium für Wissenschaft und Kunst und durch eine Unterstützung aus der Fraktionsinitiative. des Bayerischen Landtags.
Zuwendungsrechtliche Hochschule ist die Universität Regensburg.
FoKS arbeitet eng mit Universität Bayern e.V., der bayerischen Universitätenkonferenz, zusammen. Die Universitätenkonferenz war entscheidend an der Gründung beteiligt und unterstützt FoKS strategisch, organisatorisch und hochschulpolitisch und trägt wesentlich zur Sichtbarkeit und Weiterentwicklung des Netzwerks bei.
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