Die Bayerische Wissenschaftsallianz für Friedens-, Konflikt- und Sicherheitsforschung wird finanziell unterstützt durch das Bayerische Staatsministerium für Wissenschaft und Kunst.
Trägeruniversität ist die Universität Regensburg.
FoKS arbeitet eng mit Universität Bayern e.V., der bayerischen Universitätenkonferenz, zusammen. Die Universitätenkonferenz war entscheidend an der Gründung beteiligt und unterstützt FoKS strategisch, organisatorisch und hochschulpolitisch und trägt wesentlich zur Sichtbarkeit und Weiterentwicklung des Netzwerks bei.
Die Hochschule für Philosophie München ist Mitgliedsuniversität der FoKS-Allianz und beherbergt die Geschäftsstelle. Sie stellt Räumlichkeiten für die Arbeit der Geschäftsstelle sowie für Veranstaltungen zur Verfügung und unterstützt damit maßgeblich die operative Arbeit des Netzwerks.